水芹病害有锈病、病毒病和腐烂病。锈病发生广，但受害不严重，可用代森锌400倍液防治。病毒病不普遍，只将个别受害株拔除，即可防止。腐烂病可用百菌清等防治。虫害主要为蚜虫，可用40%的乐果1000倍防治。