肉鸡球虫病主要是鸡食入了被球虫卵囊污染的饲料、饮水后，卵囊被胃内消化液溶解，肠壁的炎性变化和血管破坏则使大量的液体和血液流入肠管内。肠粘膜损伤后，导致各种继发性疾病的发生，如肠毒综合症。