暴雨过后，为了切断传染源，消灭病原体，预防和控制疫病流行，必须对猪舍、环境、水源、用具等进行严格消毒。
猪舍消毒
采用高压水枪清除猪舍淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。先从棚顶、后墙壁、再到地面逐步清理，从猪舍的远端到门口，先室内后室外逐步进行，不留死角。清除大部分病原体，减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用；清理完污垢，干燥后再用灭毒威甲1:200和戊二醛1:300轮流对栏舍进行消毒；猪舍内的工具设备、物品，料管等采用灭毒威甲1:200浸泡消毒24小时以上；内外场地采用2%烧碱喷洒地面消毒；环保区粪沟查看污水情况，及时清理污水，加4%的烧碱进行消毒。
猪群消毒
猪群每天采用灭毒威甲1:200进行带猪消毒1~2次；如水灾浸泡过栏舍和猪群，猪舍内空气质量差，湿度过大，气压很低，常给猪群带来不适，极容易引起猪的应激反应，导致猪的食欲下降、呼吸急促、精神沉郁，甚至可能引起湿疹、皮炎等皮肤疾病。特别是夏季日照强烈，空气异常闷热，常常出现中暑病例，猪群要进行驱虫处理，同时增加抗应激提高免疫力的药物（如奥茵美）进行保健，并做好防暑降温工作；针对性预防附红细胞体，葡萄球菌、大肠杆菌等，针对附红细胞体可在饲料中添加50%伴畜安（盐酸多西环素）300~500克/吨料。
