防返潮变质尿素易吸湿，容易造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性很强，易结块、潮解；石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，影响施用效果。因此，这些化肥应存放在干燥、阴凉处，尤其在贮存碳酸氢铵时，包装要密封牢固，避免与空气接触。
防火避日晒氮素化肥经日晒或遇高温后，氮的挥发损失会加快；硝酸铵遇高温会分解氧化，遇火会燃烧，已结块的切勿用铁锤重击，以防爆炸。氮素化肥贮存时应避免日晒、严禁烟火。
防挥发损失氨水、碳酸氢铵极易挥发损失，贮存时要密封；氮素化肥、过磷酸钙严禁与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
防腐蚀毒害过磷酸钙具有腐蚀性，要防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜贮存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
