西瓜沤根病易在幼苗期发生，幼苗生长缓慢，叶片萎缩、萎蔫，根部最初成黄锈色，并迟迟不发新根，变黏腐烂，至幼苗上部萎蔫死亡。这种病主要是土壤湿度过大，土壤温度低造成。在土壤低温高湿的条件下，根发育受阻，根部的再生能力、吸收功能、呼吸作用受到严重抑制，根毛大批死亡，而使地上部分萎蔫。育苗时候尽量用育苗碗或者营养钵育苗，主要湿度，水不要较大。
防治方法
(1)对低温型沤根：
一是加强床土管理。施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，畦面一定要平，播种前最好一次浇足底水。有条件的采用大棚套小棚或大棚覆地膜、地热温室、电热线育苗等方法进行中温育苗。
二是加强育苗畦温湿度管理。苗期土温控制在15-25℃，子叶期和两片真叶展开期白天温度控制在22-28℃，夜温18-13℃，土壤含水量控制在土壤最大持水量的60-80%。正确掌握放风时间和通风量大小，使幼苗茁壮成长，发生轻微沤根后，要及时松土土，提高地温，苗期缺水严禁大水漫灌。(2)对高温型沤根：
一是选择地势高、排水良好的地块育苗或定植。雨后及时排水，采用遮阳网适当遮阴，有条件的采用避雨的方法，防止雨涝。在采用地热温室或电热线育苗或栽培的情况下，要注意降低地温和散发水份。
二是改进育苗方法。早春或夏季育苗，最好采用营养土方或塑料钵、育苗箱等，均可有效地防治沤根病的发生。
三是喷洒80%多·福·锌(绿亨2号)可湿性粉剂800倍液或植物动力2003营养液，每毫升对水1kg隔7天1次，连用2次。
四是及时中耕松土，以利控制地温。
五是施用鸡粪等有机肥料时，一定要提前一年沤肥，使其充分腐熟，千万不要施用新鲜鸡粪和人粪尿，以免发生烧根。