番茄裂果属于生理性病害，有以下几方面原因。一是品种选择不当。由于不同品种的果皮厚度和韧度有差异，因而抗裂果能力也会有所不同。二是与环境调节、栽培管理有关。温度管理忽高忽低，会增加番茄裂果风险。水分管理忽干忽湿不均匀，易导致番茄在转色期裂果。果实膨大期，钾、钙等元素供应不及时会导致果皮细胞发育不充实；土壤中氮、磷、钾元素过量不利于根系吸收钙、硼等元素，从而导致番茄果皮皴裂。过度疏叶，导致功能叶片数量不足，光合产物减少，果实得不到充足营养而产生裂果。果实转色后不及时采收，也容易出现从果柄处向果脐延伸的长裂口。施用药剂浓度偏高或施药环境温度过高时，果皮容易受害老化产生裂口，形成裂果。利用植物生长调节剂进行保花、保果时，蘸花浓度过高也会导致番茄裂果。
