麻种可以在地窖内挖坑保管。先在窖内挖坑，坑的大小取决于麻种的多少，坑深45-50厘米。麻种应去掉营养繁殖茎，晾1-2天再入窖。要选择含水量为20%的沙子作填充料。沙子含水量太大、太小对麻种均不利。坑挖好后，底层放一层（3厘米厚）小米粒至高粱粒大的沙子，摆一层麻种，共摆4-5层麻种，最上层放5-6厘米厚的沙子覆盖。每层麻种一定要单摆，麻与麻之间不要互相接触，空隙用沙子填充。
在贮存过程中，窖温控制在1-6℃。为了防冻，可在沙子上面覆盖一层树叶、杂木屑。但也要防止窖温过高。
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