五味子种子具有休眠特性，种皮坚硬光滑，皮下具油层不易透水、透气；自然成熟的种子，种胚细小，具后熟特性。去果肉的种子寿命较短，一般室温干贮2个月，种子活力降低，通常野生种子的瘪粒率极高，成熟种子颜色常见有两种，一种颜色较深，呈暗红色；成熟度较高，但发芽较慢；另一种呈桔红色，发芽较容易。
北五味子一般7月下旬果实进入着色期，果实中糖色素随果实成熟而增加，后期则呈递减趋势，果皮薄，不耐积压，果粒易脱落，所以8月末至9月中旬为果实最佳采收期，此时的果实中各种成份趋于稳定。
采收后的种子及时用挤籽机进行果肉及种子分离；挤出的果汁是良好的五味子饮料和五味子酒的原材料；种子经机械分离后用清水洗净，漂除瘪粒，放阴凉处晾干，最好控水1―2天后，用消毒的河沙按1：3比例混沙处理；晾干的种子一般12月中下旬浸种，然后混沙，温度控制在0°―5℃之间。
北方种子越冬有窖藏，箱藏、冻藏等多种方式，种子低温层积处理时间为80―90天左右。
五味子种子育种前期注意种子的安全贮藏，防止高温水分过大，注意贮藏间的通风：中期要及时对种子进行低温或层积处理，北五味子种子为深休眠型，并易丧失发芽能力，其休眠的主要原因是胚未分化完全，形态发育不成熟，需要在贮藏过程中8℃―15℃条件下贮藏完成，胚的分化时间一般需30天左右。后期需低温贮藏时间一般60天左右，整个过程需80―90天，贮藏后的种子在崔芽前要及时进行变温处理－10℃―15℃之间，连续变温处理3―4次，10℃―12℃之间变温时间要长，一般15天左右，这样种子在20℃―25℃的条件下崔芽，出芽率较高，一般崔芽10天左右，大部分种子裂开，露出胚根，即可播种。
