一是采收关。天麻分春、冬两季采挖，其中在冬季采挖天麻的同时，将新鲜、无病虫害、无损伤的小天麻挑出，经1～2天晾去部分水分，再集中贮藏备来年作种用。
二是温度关。将晾去部分水分的天麻种按层次摆放于砖池塘、大瓦盆或木箱内。每层次之间用湿润砂土盖没，先用黄砂铺底，上面每铺一层天麻，就盖一层砂土。贮藏温度应控制在2～5℃之间，以免温度变化过大而造成天麻种烂坏。
三是湿度关。贮藏期间应经常检查，如发现麻种起斑或霉变，应及时降低砂土含水量，并将烂麻挑出。如发现麻种有萎缩、皱缩现象，应将砂土拌点热水。
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