麝香鼠的抗病力较强，在正常饲养管理和加强卫生防疫的条件下，较少发生疾病。防疫工作应贯彻＂防重于治，养防结合＂的方针．
第一，加强饲养管理，增强动物机体的抗病能力．首先是把住＂病从口入＂关，保证饲料卫生、新鲜，有毒、污染、变质的饲料不能喂。其次是保证正常的营养需要，按标准喂养，使之体状而不易患病。
第二，认真搞好环境、圈（笼）舍、饮食器具以及浴水的清洁卫生，定期清毒，及时清除粪便，杂草，经常更换浴水。
第三，做好常见疾病的防治工作，饲养场的出入口要设消毒槽，外来人员、车俩等经消毒后方可进入，严防野狗、野猫窜入场内。新引进麝香鼠时，至少应隔离观察两周，确认无病时再混群饲养。应经常了解周围疫情，以便及早防范。
第四，加强兽医卫生防疫工作，拟定和执行防疫措施，及时治疗和严格淘汰病鼠，对死鼠的尸体要作无害化处理或者焚毁。此外，应定期扑灭害鼠。
常见病如下：
巴氏杆菌病，是由多杀性巴氏杆菌引起的一种以败血症及内脏器官出血性炎症为特征的急性传染病。
克雷伯氏菌病，又称麝香鼠多发性脓肿，是由肺炎克雷伯氏菌引起的一种呈散发性或地方性流行的慢性传染病。
土拉弗氏菌病，又称野兔热，是由土拉弗是菌引起的一种人兽共患病。一年四季均有发生，但以秋季多发。
