饲料卫生的好坏与动物的健康密切相关，动物如吃了腐败变质、发霉或被某些病原菌污染的饲料即会发病。某些植物性饲料在加工、贮藏或运输的某些环节不当时，也会导致动物中毒。因此，随时了解麝鼠的饲料是否被污染及麝鼠的饲料、饮水是否符合卫生要求是十分必要的。
1.化学污染。常见的有农药、饲料添加剂、治疗药物等。虽然化学污染毒物含量较低，但有些是剧毒，麝鼠一旦取食，便会发生急性中毒死亡。有些是慢性毒素，麝鼠在长期食用后，会造成慢险蓄积中毒。
2.生物性污染。生物性污染是指细菌及其毒素，霉菌及其毒素和某些寄生虫的污染。如腐败梭菌、肉毒梭毒素，囊尾蚴，弓形体等的污染。
3.饲料的卫生要求。饲料室须严密干燥、通风好，地面应为水泥面，要防止鼠类进入，不允许在饲料室内存放其它物品。购饲料时要把好质量关，可疑的饲料绝不能购入。现场技术人员对每批新购进的饲料要严格检查其新鲜度，必要时可送往技术监督部门检验。对某些质量可疑的饲料可采用小区饲喂试验，认定没问题时方可大批饲喂。
