种蛋消毒一般分二次进行第一次是在蛋产出后三十分钟内进行第二次是在孵化前进行。
（1）福尔马林熏蒸消毒法；按每立方米容积用福尔马林业30毫升、高锰酸钾15克的量准备药物。将称量好的高锰酸钾预先放在一个瓷容器内，容器大小应为福尔马林用量的十倍以上，然后按用量加入福尔马林，两种药物混合后即挥发出甲醛气体，密闭熏蒸20-30分钟。消毒完毕后。消毒完毕后，打开通风孔，让甲醛气彻底消散。种蛋一旦入孵切忌甲醛熏蒸消毒，自野外采集的种蛋也不要用甲醛熏蒸消毒。农家少量孔雀蛋消毒，可在书桌柜中进行。
（2）福尔马林浸泡消毒法：将福尔马林配成1。5%的溶液，种蛋在其中浸泡2-3分钟，取出沥干即可入孵。要注意溶液温度应保持在40摄氏度左右。
（3）高锰酸钾溶液浸泡消毒法：将高锰酸力争上游配成0。01%-0。05%的水溶液置于大盆内，将种蛋放入盆内浸泡2-3分钟，并洗去污物，取出晾干即可。
（4）碘溶液消毒法：将种蛋放在40摄氏度0。1%的碘溶液内，浸泡约一分钟，洗耳恭听去污物，也可杀死蛋壳上的杂菌和白痢杆菌。经过多次浸泡种蛋的碘液，浓度逐渐降低，应增加新液或延长浸泡时间，以达到消毒的目的。
（5）新洁尔灭溶液浸泡消毒法：新洁尔灭为淡黄色胶状液体，易溶于水。用0。2%的新洁尔灭温水溶液浸泡种蛋1-2分钟，捞出沥干。也可将0。2%的新洁尔灭温水溶液装在喷雾器内直接喷洒在种蛋表面，经5-10分钟即达到消毒目的。使用机关报洁尔灭，切忌将肥皂、碘、高锰酸钾、升汞和碱等物质掺入，以免药液失效。
（6）过氧乙酸消毒法；过氧乙酸又称为醋酸，为强氧化剂，性质不稳定，高尝试溶液遇热易爆炸，浓度20%以下溶液则无此危险，故市售制品多为20%溶液。其稀释液只能保持药效3-7天，故应现用现配，过氧乙酸杀菌作用快而强，对细菌，病毒、霉菌和芽胞均有效。消毒时可用0。01%-0。04%的过氧乙酸溶液浸泡种蛋3-5分钟，取出晾干后入孵。
（7）土霉素消毒法：将0。5克盐酸土霉素溶解于一升的水中制成消毒液，浸泡种蛋15分钟。该方法对防治蓝孔雀白痢病和支原体病效果显著，但对病毒无效。
（8）二氧化氯液消毒法：将二氧化氯配成都80-100毫克/千克的温水溶液，用喷雾器喷洒在种蛋表面即可。该方法不仅不破坏蛋壳的保护膜，且对减少蛋壳及蛋内的细菌数量效果较好。
（9）紫外线消毒法：安装40瓦红外线灯管，距离面约一米高，经照射10-15分钟后，即可达到消毒的目的。
