断奶仔犬腹泻十分普遍，若不采取相应的措施，往往造成仔犬生长缓慢，甚至引起大量死亡。由于该病的产生具有特殊性，治疗效果不稳定，应采取预防为主的综合防制措施。
1.掌握适当的断奶日龄和体重 在生产中，断奶越早往往发生腹泻越多。仔犬5～6周龄是消化器官发育相对较快的一个时期，因此绝大多数犬最好在45日龄断奶，如果仔犬发育较差，体重较轻时，应推迟断奶时间，一般仔犬体重在4.5～5.5公斤断奶比较合适。
2.仔犬断奶后在原圈饲养 仔犬断奶离开母犬是对仔犬的一种应激，如果再更换一个陌生的环境，将加剧应激反应。一般采用去母留仔的方法，即让母犬离开原来犬舍，仔犬保留在产犬室一段时间，有助于减少仔犬的环境应激。
3.及时补料，提高免疫系统的耐受力 仔犬20日龄时，其牙齿已经开始发育，此时应开始早期补料，既有利于增重，也促进消化器官发育，增强消化机能，减轻断奶后饲料对仔犬消化道的敏感刺激。有资料证明，断奶后第一周的腹泻发生率与断奶前消耗的饲料量成反比。也就是说，抓好断奶前补料可以预防腹泻发生。
4.逐渐更换饲料，少量多餐饲喂 仔犬刚断奶，仍应喂断奶前的饲料，逐渐过渡到幼犬饲料，不宜骤然变更，以减轻断奶后营养应激的影响。同时断奶后仔犬胃容积仍较小，胃功能不健全，胃酸分泌少，喂食要少量多餐，防止抢食、暴食。
5.调整饲料营养成分 蛋白质是日粮发生超酸反应的主要抗原物质，饲料中蛋白质含量的提高能够增加仔犬断奶后腹泻的发生率，降低蛋白水平可减轻胃肠的免疫反应。但为了不影响仔犬的增重，必须提高饲料赖氨酸水平，这样既可减轻仔犬的消化负担，有利于增重，又可预防和减轻仔犬腹泻。
6.应用酸化剂 仔犬胃底腺不发达，不能产生足够的胃酸，胃内的PH值达到6以上，为大肠杆菌在肠道内繁殖提供了有利环境（大肠杆菌繁殖最佳pH值为6～8，pH值低于4时，大肠杆菌生长速度降低，甚至死亡）。断奶后1个月内在饲料或饮水中添加1%～1.5%的柠檬酸，提高胃内酸度，既有利有益的乳酸杆菌的繁殖，又能控制有害的大肠杆菌及其他病原微生物的滋生繁殖，还可提高消化酸的活性，可控制仔犬腹泻。
7.应用酶制剂 因断奶仔犬消化机能不完善，消化酶尚未稳定，断奶后小肠绒毛的损伤导致消化酶分泌和肠道吸收能力下降。在饲料中添加酶制剂可降低断奶对消化道的刺激，提高饲料消化率，防止消化不良性的腹泻。常用的酶制剂有外原性蛋白酶、淀粉酶等。
8.添加抗生素 由于仔犬消化机能不完善，抗病力差，极易感染病原微生物而导致腹泻。抗生素能抑制病原菌及有害微生物的生长繁殖，增强机体抗病能力，减轻腹泻的发生，有利于断奶仔犬的生长发育，因此合理选用抗生素可以达到防治疾病的目的。如庆大霉素、氟哌酸、诺氟沙星等，但不能泛用抗生素，并要严格控制用量。
9.保持合适的舍温 断奶仔犬对温度的要求较高，45日龄断奶时温度应在20℃左右，尤其在冬季和早春更有必要保证合适的温度，不要忽高忽低。试验证明，温度连续波动对仔犬断奶后第一周影响很大，腹泻明显增加。
10.保证犬舍卫生，定期消毒 断奶仔犬喜欢到处乱舔乱咬，犬舍有脏物、异物很容易引起仔犬腹泻，甚至会造成更大的危险，因此必须及时清除犬舍内脏物、异物，保证清洁，并要定期消毒。
