⑴甲醛熏蒸消毒法。此法消毒效果好，操作简便。对清洁度较差的种蛋，每立方米用甲醛42毫升，高锰酸钾21克，在温度20-24℃，相对湿度75-80%条件下密闭熏蒸20分钟，可杀灭蛋壳上的病原微生物95-98%。在孵化器内进行第二次消毒时，每立方米用甲醛28毫升，高锰酸钾14克，密闭熏蒸20分钟，对种蛋产出时间较短，而又比较清洁，每立方米用甲醛14毫升，高锰酸钾7克，密闭熏蒸30分钟，但须注意：①甲醛与高锰酸钾的化学反应较强烈，又具有很大的腐蚀性，所以要用容积较大的陶瓷容器。先用适量温水溶化高锰酸钾，再将甲醛溶液倒入高锰酸钾溶液内，不要伤及皮肤和眼睛。②甲醛溶液挥发性很强，要随配随取，如发现两者混合后，只冒泡，产生小量烟雾，说明甲醛失效，要更换甲醛。③种蛋在孵化器内消毒时应避开24-96小时龄的种蛋，否则对胚胎不利。
⑵新洁尔灭消毒法：用含5%的新洁尔灭加50倍水即配成1:1000的水溶液。将种蛋浸泡3分钟（水温43-45℃），另外还有碘液浸泡法，百毒杀浸泡法，百菌清浸泡法等。种蛋保存期不宜用溶液浸泡消毒，溶液易破坏蛋面胶质层，加快蛋内水分蒸发。细菌也容易进入蛋内，因此仅用于入孵时消毒。
