问题一：种蝇驯化有一定的难度，且时间也较长。
解决办法：直接引种。
问题二：种蝇总停留在光线较强的地方，不愿吃食物，也不产卵或产卵极少。
解决办法：出现这种情况，主要是环境因素，如气温过低、光线太暗、养殖房内有苍蝇不喜欢的异味、食料盘与海绵未清洗产生异味等。养殖房内的温度要求22℃以上至38℃以下，光线不能太暗，消除异味，食料盘与海绵要求每2天清洗1次，海绵20天更换1次，每天用新鲜的食物饲喂种苍蝇，养殖蝇蛆的粪料要求最好是新鲜的（3天以内的），集卵物要现配现用，集卵物中不能加入EM或苍蝇不喜欢的物质进去。养殖房内严禁吸烟，养殖员或参观者进入房内要轻轻走动，严禁驱吓苍蝇。用较好的粪料养殖种蝇蛆，以保证有足够的雌性种蝇。解决了以上问题，要想让苍蝇多产卵是很容易的。
问题三：正常养殖情况下，蝇蛆是长大成熟后才爬出粪堆，但在养殖中，有的还未长大就爬了出来，一大堆小蝇蛆在粪堆上来回乱爬，不愿钻入粪堆中吃食物。
解决办法：出现这种问题，一是粪料中的温度太低，粪料温度低于27℃时，蝇蛆就很难吸收粪料中的养分了，再有粪料不新鲜或发酵过头，蝇蛆在粪堆中无法吸取养分，只好集体钻出粪堆寻找食物。提高养殖房内的温度，进而粪料的温度也就提高了，养分能够让蝇蛆吸收。用新鲜的粪料放于四处乱爬的蝇蛆上，蝇蛆就会马上钻进新粪料中觅食。二是蝇蛆数量太多，粪料不够，粪料中的养料已被蝇蛆全部吃完，没有了食物，蝇蛆只好出来另找食物。因此，只要添加新粪料即可。以上情况，多在春秋季出现。
问题四：蝇蛆不自动分离或分离不干净。
解决办法：自动分离是蝇蛆的生理特征。一般蝇蛆成熟后就要化蛹，但它们不喜欢在生长的粪堆里化蛹，而是从粪堆中爬出来寻找地方。受育蛆池的池墙挡住，蝇蛆会沿着墙边往两边走，快到收蛆桶边的时候，碰到一个微小的坡，反而会争先孔后往上爬，待爬到收蛆桶边上时，一个突然的下坡（蝇蛆没有眼睛）使它们掉进收蛆桶。有时候特别是冬、春季节，会发现蝇蛆分离不干净，许多蝇蛆在粪中化蛹了。其原因：一是养殖房内温度低于20℃，而粪堆中温度却在30℃以上，蝇蛆爬出来感觉到外面的温度对化蛹不利，只好在粪堆中化蛹了。二是养殖的粪堆太大，旁边的蝇蛆自动分离了，而生存在粪堆中间的蝇蛆爬了很久都还没有爬出粪外，只好在粪堆中化蛹了。三是蝇蛆频繁的活动把粪弄散了，使育蛆池边都塞满了粪，蝇蛆连爬出的“路”都没有了。为此，蝇蛆自动分离时的温度应该在20℃以上，每个育蛆池中粪的重量在100公斤以下，每天要2-3次把堵塞在育蛆池边的粪料铲到中间，使育蛆池边的路畅通无阻.
