①强化饲养种子幼虫：后备蝇蛆是下一代成蝇的种子，它的健壮与否，直接影响下一代蝇蛆的生产。因此，首先应该选择个体健壮、产卵量高、并且正值盛产期的蝇群的卵块，进行强化饲育，即适当稀养，盛食期添加一部分自然发酵2~3天的麦麸、米糠等，勤加食，勤除渣，使幼虫健壮整齐。
②选留同步发育的蛹体：一窝幼虫（蛆），虽饲养管理周到，化蛹仍有2~3天甚至4~5天的先后之差。因此，应选留虫体大小、色泽基本一致的幼虫，放在10厘米左右深的盆内，再将这个盛有幼虫的盆子放在另一个较大较深、盆底盛有一薄层的如糠粉一类比较干燥粉状物的盆内，盆上加盖报纸等物，使盆内保持黑暗通风。成熟的幼虫，排干体液后，就会纷纷从粪渣里面往盆外逃逸，落到大盆底上粉状物内，准备化蛹。如果幼虫阶段发育整齐，1~2天内大部分幼虫可以逃逸出来，一般以1~2天内获得的虫体较好，剩下的可作饲料处理。逃逸出来的虫体要放在黑暗、通风、安静的环境中平铺约2~3层，待其化蛹。
③蛹的计数和消毒：等到蛹体外层颜色变为深褐色，即化蛹2~3天后，用称重或测量容积的方法计数。前者先数1000个蛹，称重，然后按比例称取所要求的个数重。后者先数1000个蛹，用量筒测容积，然后按比例量取所要求的个体容积，但前者较为准确。计数以后，分别用纱布包好，浸入1/10000~2/10000的高锰酸钾溶液中消毒5分钟，稍微洗净脏物，置成蝇笼内任其孵化。一般来说，在正常情况下，如化蛹整齐，蛹体健壮，绝大多数蛹体会集中在1~3天内羽化完毕。
④防治敌害：无论幼虫和蛹，都易受老鼠、蚂蚁等危害。饲养幼虫的猪、鸡粪易逗引外界蝇类前来产卵，应严防敌害侵袭。同时防止后备幼虫的饲养池内有其他蝇类产卵，造成种子不纯，发育不一致。
