当我们用粪便、麦麸、桔杆来养殖蝇蛆后，会产生大量的蝇蛆粪便，这些粪便一方面可以直接作有机肥，另一方面还可再生利用。
蝇蛆第一次消化粪便后，粪便中营养是吸收不完的，如果直接用来作有机肥，有些不划算，为止我们可把蝇蛆粪便再生利用，提高粪便的利用率，具体做法是：
1、蛆粪养蝇蛆
我们可把蝇蛆吃剩下的全部粪料（最好是当天的）收集起来，堆成长方形或园柱形堆状，堆的大小根据当天的蛆粪多少来定，一般高度在1米左右，宽1.5米左右，长度不限；如果是园柱形，堆的直径可在1-2米左右，高度以能堆稳不垮为度。养殖过蝇蛆的粪便比较干燥，这时我们可以加水调湿，每一吨粪用5公斤EM生物活性菌兑水150--200公斤（具体水的多少视蛆粪料的干湿度来定），在一边堆粪时，一边洒水，把粪料调整到湿度在60%左右为宜。调节好湿度，堆粪完成后，可盖上薄膜密封，3天后翻堆一次，7天就可再用于蝇蛆养殖中。如果有新鲜的鸡粪便，可在蝇蛆粪料中再渗入30%新粪料效果会更好。
2、蛆养蚯蚓
已经通过两次养殖蝇蛆的粪便，我们不再用来养殖蝇蛆。这时我们可作另一种用途，那就是用蝇蛆粪来养殖蚯蚓。蚯蚓首先要选择好种源，目前最适合人工养殖，繁殖量高的品种主要是大平二号蚯蚓种。在种蚯蚓放养之前，我们作好充分的准备，把从蛆房里推出来的粪料，堆成长条状，宽2米，长度不限，厚度20厘米，如果有砖块，两边用砖块砌一下，挡住粪料，这样要规则一些，今后加粪料也要方便得多。堆料与堆料之间要留1米的操作道。料推好后，可请来蚯蚓安家。在放蚯蚓之前，还得做一个实验，首先放几条蚯蚓在粪料上，看其蚯蚓的反应如何，如果放上去的蚯蚓一个劲往边上爬，不往粪里钻，这说明粪料里有大量的毒气，这时不能放种，等粪料毒气自然或人为散发后再能放种蚓饲养。
