1、种苍蝇驯化有一定的难度，且时间也较长。
解决的办法是：直接引种
2、种苍蝇不产卵：种苍蝇总停留在光线较强的地方不愿下来吃食物，也不产卵或产卵极少。
出现这种情况的原因是：首先主要是环境因素，如气温过低、光线太暗、养殖房内有苍蝇不喜欢的异味、食料盘与海绵未清洗产生异味、饲喂苍蝇的食物变质、粪料不新鲜或发酵过头等、集卵物不新鲜、养殖员在蝇蛆房吸烟、养殖员在养殖房内活动大手大脚驱赶苍蝇、雄性苍蝇过多而雌性苍蝇极少等等。
解决的办法是：养殖房内的温度要求在22℃以上、38℃以下，光线不能太暗，消除如油漆等其它异味，食料盘与海绵要求2天清洗一次，海绵20天更换一次新的，每天都要用新鲜的食物饲喂种苍蝇，养殖蝇蛆的粪料要求最好是新鲜的（3天以内的），集卵物要现配现用，集卵物中不能加入EM或苍蝇不喜欢的物质进去，在养殖房内严禁吸烟，养殖员或参观者进入养殖房内要轻轻走动，严禁驱吓苍蝇，让苍蝇知道我们不是它们的敌人，用较好的粪料养好留种的蝇蛆，以保证有足够的雌性种蝇。解决了以上问题，要想让苍蝇多产卵是很容易的。
3、蝇蛆在还未长大就往外爬。
在正常的养殖情况下，蝇蛆是长大成熟后才爬出粪堆，但在养殖中，有的还未长大就爬了出来，一大堆小蝇蛆在粪堆上来回乱爬，不愿钻入粪堆中吃食物。这主要原因一是粪料中的温度太低，粪料温度在低于27℃时，蝇蛆就很难吸收粪料中的养分了，粪料不新鲜或发酵过头在进入蝇蛆房后不再发酵，粪料中的温度过低，蝇蛆在粪堆中无法吸取粪料中的养分，蝇蛆只好集体钻出粪堆寻找食物。
解决办法是：提高养殖房内的温度，粪料的温度也就提高，养分能够让蝇蛆吸收；用新鲜的粪料放在正在到处乱爬的蝇蛆上，蝇蛆就会马上钻进新粪料中觅食；二是蝇蛆数量太多，粪料不够，粪料中的养料已被蝇蛆全部吃完，没有了食物，蝇蛆只好出来另找食物了。解决的办法是添加新粪料即可。出现以上情况在春秋季最多。
4、蝇蛆不自动分离或分离不干净。
自动分离的原理是利用蝇蛆的生理特征，蝇蛆在长大成熟后就要化蛹，但它们都不喜欢在生长中的粪堆里化蛹，它们就会从粪堆中爬出来，但被育蛆池的池墙挡住了，它们只好沿着墙边往两边走，快到收蛆桶边的时候，它们碰到了一个微小的坡，它们反而更加争先孔后往上爬，刚爬到收蛆桶边上时，一个突然的下坡（蝇蛆没有眼睛）使它们措手不及地掉进了收蛆桶中就再也爬不上来了。有时候特别是在冬春季节，总发现蝇蛆分离不干净，许多蝇蛆在粪中化蛹了。其原因一是养殖房内温度太低，低于20℃，而粪堆中温度却在30℃以上，蝇蛆爬出来马上感觉到外面的温度对化蛹会不利，只好在粪堆中化蛹了；二是养殖的粪堆太大，旁边的蝇蛆自动分离了，而生存在粪堆中间的蝇蛆它们爬了很久都还没有爬出粪外，没有眼睛的它们以为粪堆是无边无际的，再爬也是徒劳，只好在粪堆中化蛹算了；三是蝇蛆频繁的活动把粪弄散后总是使粪连育蛆池边都塞满了，蝇蛆连爬出的“路”都没有了。
解决的办法是：蝇蛆自动分离的时间在3~9点钟，这其间的温度应该在20℃以上，每个育蛆池中粪重量在100公斤以下，每天要2~3次把堵塞在育蛆池边的粪料铲到中间，使蝇蛆育蛆池墙边的路畅通无阻。
