1.孵化前准备
⑴将孵化机和孵化室及有关用具准备好，冲洗干净并用药液消毒。
⑵种蛋和孵化机熏蒸消毒。用量为每立方米空间用30毫升福尔马林盛于瓦盆，加热熏蒸，或15克高锰酸钾与30毫升福尔马林混合，产生甲醛气体熏蒸，时间为15～20分钟。
⑶孵化机试温。入孵前2天，开动孵化机使温度和湿度达到适宜要求。检查通风、翻蛋等控制系统，保持运转正常。
2.种蛋入孵
⑴整批入孵法。一台孵化器入孵一批蛋，直至移蛋到出雏器或出壳完毕，再进另一批蛋。
⑵分批入孵法。每几天入孵一批蛋，落盘一批蛋，出一批、入一批，孵化机内始终保持一定数量的胚蛋。这种方法一般采用“新蛋”与“老蛋”互相交错放置。
⑶编号和登记。所有入孵蛋都在蛋架上和记录本上写明入孵日期、品种、系谱编号和数量等。
3.孵化条件的检查和调控
整个孵化过程中都必须调控孵化条件，达到最佳范围，检查机器运转是否正常。孵化房的温度调节在18～24℃。
4.照蛋检查胚胎发育生长情况
每批蛋孵化过程中一般进行3次照蛋。
第1次照蛋于入孵后第10天进行，又叫头照。头照时，受精蛋正常发育可见到蛋内有鲜红的血管，还可隐约看到胚胎活动的影子。不受精的蛋，看不见血管。死胚蛋血管暗淡或血管呈环状脱落浮动。头照可检查出无精蛋和死胚蛋。
第2次照蛋于入孵后第24天进行，称二照。此时正常发育的胚蛋可见蛋内血管呈树枝状并到达蛋的小端。死胚蛋的血管细小脱动。二照可检查出死胚蛋。
第3次照蛋于入孵后第34天进行，称为三照。正常发育胚蛋，整个蛋被胎儿占满，看不到血管，仅在蛋的一端看到亮光，气室倾斜，又称“斜口”。如果大部分蛋未达到斜口，说明孵化温度过低，胚胎发育稍慢，要适当提高孵化温度。
5.转盘或落盘
孵化至第38天，整盘蛋从孵化器移至出雏器，叫转盘。此期不翻蛋，相对湿度调高至40%，温度为36.0～36.5℃。
6.出雏
正常发育的胚胎，第41天陆续啄壳，从啄壳到出雏大约要24小时。第42天大部分出壳，小部分第43天出壳。如果第43天尚未破壳而出，可以人工助产，帮助雏鸟破壳。出壳后的雏鸟在出雏器内停留至羽毛干燥，然后送入保温房1～2天，再送到育雏舍。
7.出壳鸵鸟的编号和记录
在保温室中对出壳的健康鸵鸟逐个称体质量、编号。
8.孵化完毕后的清洁和消毒
出雏结束后，对出雏器、孵化器、保温室、孵化室及用具等进行全面清洁消毒，并对孵化器等设备保养检修。
9.孵化结果统计与分析
包括对入孵蛋受精率、受精蛋孵化率、入孵蛋孵化率、健雏率和死胎蛋情况等进行统计与分析。
