蘑菇发生畸形，多数是由于温差或不利的环境诱发的；也可能与所使菌株有关。常见的畸形蘑菇主要有以下几种：
1.菌柄中空。从外表看起来蘑菇正常，但切掉菇脚，发现菌柄有一部分中空，在一个硬芯周围通常有一个环形空腔。而后，菌柄切面可能裂开再向后卷，使蘑菇外观差，商品性下降。
原因：这主要是出菇期空气湿度低，菇体水分蒸发快，土层过干，子实体得不到水分造成的。
2.菌柄开裂。菌柄竖直开裂有时伴有水平开裂，使菌柄裂片向上、下卷起。
原因：由于蘑菇先生长在非常潮湿的覆土里，而后覆土干燥，后再迅速提高覆土湿度而诱发形成的开裂症状。
3.菌柄肿大。偶尔可见蘑菇菌柄肿大，可能在菌柄基部、中间或顶端。
4.硬褶病。开伞的病菇。从下向上看，颜色苍白，菌褶很浅或不存在。如菌盖破裂，则菌盖通常显得比平常厚。
5.丑形菇。子实体分化看起来模糊不清，经常与秋季第一潮菇有关。不能正常发育而变成各式各样的丑形菇，从瘤状直至子实体形状尚可分辨但菌盖却奇形怪状。个别的子实体还可能连在一起。
6.水渍病。蘑菇发病症状为清晰可见的进水区，特别在菌柄，如将蘑菇揉挤，就会出水；而且有时成熟子实体会自发地流出大量清澈或有色的液体而后烂掉。
7.隐干腐病.症状与干腐病相似，但能恢复生长并产生正常子实体。是因长期过多喷水所致。
8.菇蕾成丛。产生大量钉头小菇，基本上都不能发育长大。这是由于在环境过于有利形成菇蕾时发生的。
9.蘑菇成团。蘑菇成团指蘑菇成堆发生，这与在形成菇蕾时出现周期性低温有关。
10.菌被。当菌丝长透覆土后；覆土表面着生一层厚厚的白色菌丝。菌被不透水，出菇受到阻碍。这是由于高浓度二氧化碳加上高湿度和高温造成的。补救方法除了调整环境条件外，就是在刚刚发生菌被时立即进行轻微搔菌并重新盖上一层覆土。
11.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出现，覆土发菌良好，菇蕾却死亡产生不出菇的小区。
原因：通常是由于覆土里存在不透水的菌丝层导致覆土表面泡水引起。与菌被病相反，起因是蘑菇早期喷水不足，使致密的菌丝定植在干燥的覆土里。
12.带土菇。当蘑菇在太深的覆土里出菇时，经常包着覆土。
原因：出菇误时或覆土表层干燥引起深层出菇。
13.菇体起鳞。菇体上表层鳞片翘起。
原因：对空气干燥的自然反应或菇床的五氯酚钠烟气引起。
