畸形菇的表现形式是多种多样的，生产上常见的主要有：地雷菇、空心菇、大屁股菇、硬开伞和早开伞、红根、水锈斑。
地雷菇。形成的原因主要是覆土材料过粗，土质偏硬，覆土较厚，覆土层表层含水较少，而其下部及基料的温湿条件又适合子实体发生和生长，故易在料表或覆土层中下层分化形成子实体，然后钻出土面。解决办法：选取优质腐殖土，可按比例掺入一定量的腐熟牛粪或麦糠、稻壳等；在取土、晒土及处理过程中，应予过筛，使土粒大多保持与小麦粒大小相当，最大的可有玉米粒的1/2左右，并伴有部分土粒；覆土不必过厚，一般3厘米左右即可，并注意使其保持相应均匀的含水率。
空心菇。是由于覆土层含水不足，或基料含水偏低，使菇体对维持正常生长的水分的需求得不到满足而形成的。除解决覆土层含水问题外，适当的棚湿是有效的辅助手段，一般可调控在85～90%的范围内，过高过低均不利。
大屁股菇。形成的原因是棚温骤升骤降，温差幅度大，或受冷、热空气袭击，菌盖菌柄生长不平衡；或因棚湿过低，而覆土层含水适宜等原因，均可发生大屁股菇。此外，某些化学药物也可导致该种畸形菇的发生。
硬开伞。形成的原因是菇室昼夜温差超过10℃以上，或遇冷空气袭击造成的硬开伞。出菇密度过大，温度过高，湿度过低以及子实体生长快而柄细盖薄等，均会造成早开伞。防止方法是在温度聚变时房外加盖帐帘，保持室内温湿度的基本稳定。
红根。出菇前高温阶段用水过多，覆土层含水量过大，培养料偏酸以及追施糖料过多、通风不良等都可能形成红根。应注意使覆土的含水量保持在22～25%之间，避开高温时喷水。追肥要适当，糖分要适量。如发现红根，可适当喷些石灰清水。
水锈斑。在蘑菇多次喷水后，要求打开门窗0.5～1小时通风换气，以保持室内空气新鲜。否则，菇房内湿度过大，就会使蘑菇表面滞留小水滴，时间稍长形成铁锈色斑点。
