白灵菇畸形导致产品的等级降低，有的甚至失去商品价值，严重影响了栽培者的经济效益。畸形菇的产生，最主要的原因就是外部的培养环境条件与白灵菇自身的生长要求不相适应。表现为出菇时温、湿、光、气协调不好，或者管理上存在失误等。
1.菇棚设计不合理 白灵菇的栽培场所主要分为室内和野外两种菇棚，大多建造简陋，存在缺陷。有的菇房门窗或通风口因设计不合理，致使室内空气不流通或流通不畅。有的菇棚虽设有通风口，但通风口都是朝着菌墙两端。也有的虽然开有通风口，但只是为了保温，始终没打开。由于棚内空气不流通，造成严重缺氧，致使好气性的白灵菇畸形。
2.茵墙排列不科学 有的菌袋进棚时垒的太高，甚至超过1米；有的菌墙之间填入的土偏黏性，导致土壤不透气或透气性差，影响呼吸作用；有的菌墙排列过于密集，中间不填土。另外，袋间填土水分不足，进入冬季催蕾时菌袋内的水反被填土吸收，使菌丝体脱水，出现畸形菇。
3.养分缺乏 例如，棉籽壳、麦麸陈年受潮霉变，养分流失。麦麸用量低，到长菇期造成营养缺乏，不能满足正常的需要。再有，菌袋内水分蒸发，导致菌丝体脱水等。所有这些都可造成白灵菇出菇畸形。
4.催蕾技术不到位 菌丝生理成熟后还需要0～13℃低温刺激10～15天，这期间还要进行5～7天的10℃以上温差刺激，才能逼使原基发生分化成菇蕾。这是白灵菇与众不同的一个特性。栽培者常因没掌握这个独特种性，而低温蹲菌期不足，温差刺激不够，导致子实体发育受到抑制而变形。
5.疏蕾失误 有的栽培者看到菇蕾多非常高兴，明知菇蕾太密，也舍不得摘掉。也有的虽疏蕾但留蕾太多。总之，由于疏蕾不当，最后造成白灵菇的变异体态。
6.出菇期管理不当 在出菇期间常因温、光、气等调节不好，导致菇体发育变形，或者采收偏晚，菇体超大，造成白灵菇畸形。
