1.房棚结构不合理。白灵菇栽培场所分室内菇房和野外菇棚。常因设计不合理，以致空气不流通，严重缺氧，致使好气性的白灵菇发生畸形。理想的菇棚应坐北朝南或坐西向东。房棚不宜太大，一般长方形的棚室每棚以容3000袋或5000袋为宜。通风口应设在长向两旁下方，用砖砌成24cm×24cm的口径，每隔1m开1个通风口，横向两旁的通风口要等平，菇棚两端门膜应能开闭，棚顶用无滴膜加草帘或遮阳网覆盖。
2.菌墙垒叠欠妥。菌袋进棚垒墙太高、太密，菌墙之间填入粘性土壤，割膜不得体均将导致不透气。要达到适时出菇，出好菇，必须做到“五要”：①时间要准：12月上、中旬菌袋生理成熟便转入催蕾；②叠墙要稳：菌袋码垛6～7层稍倾斜，底宽120cm，上宽80cm，墙体长280cm，菌墙间留60～80cm作业道；③割膜要适度：在菌袋内向一端割膜，割2/3为宜；露外一端留1.5～2cm不割，起长菇护围作用：④填土要好：以粘性土加沙壤土，拌以1%石灰，0.5%复合肥配成营养土；⑤打好气孔：菌墙顶部填土3cm后，用泥巴围成10cm左右深的蓄水位，每隔40～50cm打一个宽3cm、深至离菌墙底部2～3袋位置的孔，以利通气、灌水。
3.先天性营养缺陷。配方缺乏营养，培养基酸败，袋内水分蒸发等易造成畸形菇。菌袋是白灵菇子实体生长发育的培养基，基质的好坏关系到白灵菇的品质。要多产优质菇，应做到：①原料新鲜无霉变：②配方合理；⑧添加剂用石灰粉且不得超过5%；④掌握发酵机理，发酵时添加0.3%的发酵剂，发酵时间为7天，翻堆3次后转入装袋、灭菌、冷却接种。
4.预产期把握不准。菌丝未成熟就人为催蕾，将造成早产畸形。从接种日起累计养菌时间达90天，菌袋表层菌丝色泽浓白，基质略有弹性时说明菌丝已成熟，此时摆袋垒墙最佳。
5.催蕾技术没到位。菌丝生理成熟后还需要0～13%低温刺激10～15天，这期间还要进行5～7天的10℃以上温差刺激，才能使原基分化成菇蕾。如果低温蹲菌期不足，温差刺激不够，将导致子实体发育受到抑制而变形。
6.未重视疏蕾。菇蕾太密而未疏蕾，以致出菇时菇体互相拥挤，出现畸形。用利刀将多余的幼蕾割除，每袋一般留蕾1～2个，最多不超过3个。选优去劣，留强去弱，疏密留稀。疏蕾后温度保持在13～18℃，不低于8℃，不超过20℃，湿度保持在85%～90%。
7.长菇期管理不善。长菇期间温、光、气调节不好也会出现畸形菇。因此，长菇期要调节好温度、氧气和光照。
