危害蘑菇子实体和菌丝的蛆形幼虫有很多种统称为“菌蛆”。较常见的有4个种，即茹蚋、瘿蝇、茹蝇、粪蝇等。它们的幼虫―蛆，肉眼看来在形态上差不多，而成虫也只有蚋和蝇有明显差异。瘿蝇、茹蝇、粪蝇的形态以至生活习性都很相似，所以经常被误认为只有一种，都叫“菌蝇”。
菌蛆（幼虫）会蛀食子实体，使蘑菇变成废品，有的危害菌丝。被菌蛆蛀食过的蘑菇，有时外表不易发现，但对制罐的质量却影响很大。
菌蛆主要是来自牛粪或猪粪，牛粪、猪粪在夏秋季收集摊晒过程中，蝇类在上面爬行产卵。这些材料在堆制发酵时，其中的虫卵未被全部杀死，就随着培养料带入茹房。现将其防治方法介绍如下：
1．在茹床上没有长子实体时，用敌百虫1000倍液喷洒，可杀死成虫和暴露在土层表面的幼虫。要每隔2天喷洒一次，连续喷3-4次。
2．成虫有趋光性，可采用黑光灯诱杀。
3．堆制培养料时，尽量使堆温升高，并在翻堆时，边翻料，边喷。重新建堆后，用塑料薄膜覆盖严密，熏闷2天后揭开，这样可以杀死堆中大部分的虫体和虫卵。
4．利用一些土农药，如烟杆、番茄茎叶、桉树叶、苦楝叶、黄花蒿、蓖麻叶等，混入堆肥材料中进行堆制，可以杀死幼虫或减少幼虫孽生。
5．苏云杆菌、杀螟杆菌、白僵菌等，对防治幼蝇类都有很好效果。芽孢杆菌对蝇类昆虫有很强的致病力，可杀死幼虫和蛹，而对人畜无害。牲畜吃下带有芽孢杆菌的饲料，排出的粪便也带菌，蝇类幼虫就无法孽生。
6．培养料一定要进行“二次发酵”。
