在双孢菇生产中，由于菇房环境条件和培养料的不适以及管理措施不当，会影响菌丝和子实体的正常生长发育，进而影响了产量和品质。
1、播种后菌丝不萌发、不吃料。播种后菌丝生长不良，菌种不萌发、不吃料，只在料面生长并出现萎缩现象。这是由于菇房内的温度、通风情况及湿度不当等原因造成的。若培养料表面偏干，可及时喷过磷酸钙或磷酸二氢钾水溶液；如料过湿，则要加强菇房通风；当菇房内气温较高时要采取降温措施，使其达到适宜的温度范围：当菇房内有氨臭味时，要及时加大通风量，在培养料面戳洞，排除氨气。
2、覆土后菌丝体徒长。播种后营养生长过旺，绒毛状菌丝生长致密，覆土后常冒出土面，形成一种浓密的不透水、不透气的"菌被"层。主要是由于高温、高湿环境导致菌丝体徒长。防止菌丝"结被"的措施是当菌丝长出覆土层时，加强菇房内通风，降低菇房内温度、空气湿度，并及时喷"结菇水"，以利原基的形成。喷水不要太急，要在早晚凉爽时喷水。一旦发现菌丝徒长，要及时用小刀或竹片挑掉菌被。
