大棚内蘑菇的主要病害有：
①“白腐病”又称褐腐病、疣孢霉病，是棚菇病害中发生最普遍、危害最严重的一种真菌病害。
②“鬼伞苗”又名野蘑菇。虫害主要有菇蝇、蚊、线虫、螨虫等。怎样防治这些病虫害呢?通过几年的实践我们总结出以下几点经验供大家参考：
一、自腐病
要想彻底消灭这种真菌并不太容易。但我们可以从“防”字入手，即把病害及早消灭在大发生之前。需要做到：
1、培养料在菇房内二次发酵时，用通蒸汽法进行处理。具体做法是：用巴氏消毒法灭菌处理，温度保持在60℃左右，并持续6小时-10小时。
2、覆土时用福尔马林(2千克／立方米)消毒，并在覆土后调节水量时用高效杀菌剂(500倍-1000倍)或多菌灵(500倍-1000倍)均匀喷洒床面和周围环境。
3、一旦发现有这种病害出现，第一，立即停止浇水，加大通风量，降低菇房温度和湿度。第二，立即挖掉病菇、菌丝块和周围的覆土，并且撒上石灰集中销毁，防止再次感染。第三，换上新土后，在原发病部位均匀喷洒福尔马林、高效杀菌剂或多菌灵农药。使用浓度同上或加倍。严重时菇房内用福尔马林(10毫升／立方米)或气雾消毒盒(2克／立方米-4克／立方米)熏蒸1小时，通风2天-3天，待床面干燥后再喷药。
二、鬼伞苗
这种菌主要产生于温度过高的培养料中。因而，在堆制培养料时，首先选择无霉变的原料，同时调整好碳氮比，避免含氮量过高，当游离氮含量过高时，要用甲醛进行处理；其次在发菌阶段切记不要使料温过高，避免病菌的产生。如果菌床上已经出现鬼伞茁，应立即拔除干净，随后通风降温，待室温下降后，病菌便自行消失。
三、菇蝇、蚊
菇蝇、蚊主要来自培养料中，另外周围环境的粪肥也是其栖息之地，因此只要注意环境卫生和培养料的发酵消毒环节就可防治其发生。可用菊乐合酯1000倍液或敌杀死1000倍液喷洒处理就能防止其危害。
四、线虫
线虫主要栖息于土壤中，随覆土进入菇房。将培养料经巴氏消毒处理就能有效地杀灭线虫。在线虫发生轻度时可用杀虫双乳剂50倍液或马拉松乳剂500倍液喷洒菇房内的料面，严重时用磷化铝熏蒸菇房效果较好。
五、螨虫
螨虫主要潜伏在粪肥中，可随培养料侵入菇房，因而将培养料进行巴氏消毒处理就能有效地控制其发生。另外，在堆料时拌人三氯螨醇或在床面上喷洒菊乐合酯1000倍液和敌敌畏1000倍液。严重时用磷熏蒸处理即可。
