随着菜篮子工程的发展，食用菌的需求量也相应加大，但菇棚内害虫危害给食用菌发展造成很大障碍。为缓解这一矛盾，现介绍菇棚内的主要害虫及防治方法。
1、菇蝇
幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。此菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0．90千克／100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0．15千克的1％氯化钾或氯化钠溶液(可用5％食盐水代替)；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。(烟碱可自制：取0．50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒)。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
2、菇蚊
菇蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500--800倍的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
3、菌虱
是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源侵入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库，鸡舍等作为养菌室时要彻底消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50％敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1％硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉或用开水烫死。
