金针菇原料营养丰富，含20%的麸皮、10%玉米面以及其他纤维素、多糖等，这些原料出完菇后，在有益菌的作用下，可分解形成高蛋白的生物有机肥，作为一种优质的底肥用于蔬菜生产中，效果很好。
金针菇废料作底肥施用，可以直接铺到大棚的地面上，用旋耕机翻入土里即可。但要注意不可铺得过厚，一般厚度不可超过30厘米，以免灌水后释放出大量的热量，导致烧苗。
另外，为进一步增加金针菇废料中有益生物菌的含量，还可以加入EM菌。
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