金针菇的制种过程是母种（一级种）→原种（二级种）→栽培种（三级种）。母种是采用组织分离或孢子分离或引种而得来的。常用的培养基有：（1）马铃薯200克、葡萄糖20克、琼脂20克水1000毫升，俗称PDA培养基。在繁殖产生粉生孢子多的菌株时，可在培养基中添加百分之0点1维生素B1或维生素B2。（2）马铃薯200克，蔗糖20克，琼脂20克，蛋白胨2克，硫酸镁2克、磷酸二氢钾2克，维生素B20点5克，水1000毫升，培养基装管灭菌后，在无菌条件下接种，培养室内温度控制在24度左右，大约经过7至10天，菌丝即可生满培养基斜面，优良的母种标准是菌丝健壮，生长旺盛而整齐，菌落清晰均匀，粉孢子少。
