采收当金针菇长到15至16厘米长，菌盖内卷呈半球形、直径1至1.5厘米时，即可采摘。一手按住瓶、袋口或菇床，一手轻轻握住菇，从培养基质上拔下，基部切除干净，放在适合的容器里。瓶栽产量每瓶100至180克。
分级金针菇采收后即进行分级，分级标准如下。
一级菇菌柄长15厘米、菌盖直径约在1厘米以下，内卷、白色（或菇体三分之二白色、三分之一淡黄色），圆整、无畸形菇、无腐烂变质、无病虫害。
二级菇菌柄长13厘米、菌盖直径约在1.5厘米以下。菌盖内卷、菇体白色（或菇体二分之一白色、二分之一为淡黄色或金黄色）、圆整、无畸形菇、无病虫害、无腐烂变质的。
三级菇菌柄长短于6厘米或长于20厘米，菌盖直径不超过2.5厘米，菇体金黄色或淡咖啡色，并且无畸形、无病虫害、无腐烂变质。
保鲜与加工金针菇的保鲜可采用抽真空后低温（4摄氏度）保藏，时间为25至30摄氏度。另外，也可制成清水罐头、烤成干品和进行盐渍加工。
