适时采收无论春耳、伏耳、秋耳，都要在雨过天晴、耳片稍干后采收。如果天气干旱，应在采收的头天傍晚均匀地喷一些水，在次日早晨露水干后采收，这样的木耳不易碎。如遇连绵阴雨天气也必须采收，以免造成流耳。通常用小竹刀或小刀沿着子实体的边缘插入耳根，割下耳片并挖出耳根。
及时制干采收后的鲜木耳含水量较大，如不及时制干，易腐烂变质。制干的方法有两种：一种是选晴朗天气，将采收的木耳薄薄地摊开暴晒１～２天，达到制干程度即可；另一种是若采收后适逢雨天，可自建简易烤室，将鲜木耳摆在烤筛上，在下面烧炭火加热，温度以不超过４０℃为宜。烘烤时烤筛左右移动，使其均匀受热。烘烤时切勿翻动和烟熏，以免影响品质。
分级装袋制干的黑木耳应剔除碎片、杂物等，可以按大、中、小或好、中、差三个标准用无毒塑料袋装好并扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，然后将木箱或木桶放置在干燥、通风的室内。
