酵母菌是子囊菌亚门酵母科(Saccharomycetaceae)的一类真菌，该类真菌与一般真菌不同的是不形成丝状的菌丝，在马铃薯蔗糖琼脂培养基上生长时，其菌落形态与细菌的菌落形态在些相似，呈黏稠状或浆糊状。菌落的颜色则因酵母菌的种类不同而不同，有的呈乳白色，有的呈粉红色或肉红色，有的呈乳黄色等；菌落的边缘有的整齐光滑，有的则不整齐或呈不规则形；菌落表面有的有皱褶，有的则表面光滑；菌落隆起高度也不一致。但不论哪一种酵母菌，放在显微镜下观察时，在400~600倍视野下可清楚观察到大量圆形或卵圆形、无色、单细胞的菌体，并可看到其芽殖的孢子形态及芽殖孢子。如果是细菌在这种放大倍数视野下是观察不到其菌体形状的。
菌种分离、提纯及转管扩大过程受酵母菌污染后，除银耳、木耳的芽孢菌种与它不易分辨外，其他菌丝状生长的菌落均易区别，但在栽培过程中，当瓶(袋)内的培养料受酵母污染后，肉眼不易看出受污染的症状表现，可从接入后的金针茹菌丝生长情况及是否可嗅到培养料散发的酒酸气味加以判断，而进一步的确定可通过显微镜检查。
菌种生产或栽培过程中，当培养料本身带有酵母菌，拌料装瓶、装袋后，灭菌不彻底，特别是采用常压蒸汔灭菌时因温度上升缓慢和达不到100℃左右的温度要求及保温时间，闷锅时间过长，可引发酵母菌大量繁殖而使培养料发酵变酸，或在接种后发菌期间菌袋堆积和处于过高温度培养条件下，也可引发菌袋内酵母菌大量繁殖，造成发菌不好或不发菌现象。
