(一)常见的几种杂菌病害
1.细菌性根腐病病原菌为肠杆菌，欧文氏杆菌属，杆状，周生鞭毛。侵染初期，在培养基表面，菇丛中浸出白色混浊的液滴。使菇柄很快腐烂，褐变成麦芽糖色，最后呈黑褐色，发黏变臭。产生根腐病的根本原因是把带菌的水直接喷到菇体上，由于菇丛很密，表面面积很大，呼吸作用很强，水分不能及时散失，就产生热量，病原菌便在适温条件下大量繁殖生长，产生根腐病。防治的主要方法是，禁止将水喷到菇体上。一旦发病，要立即采收，对菌床进行喷施1‰多菌灵处理。
2.霉菌污染霉菌是金针菇的大敌。冬季生料栽培金针菇为害最严重的属木霉和青霉。
木霉有许多种，如绿色木霉、康氏木霉、多孢木霉等。易与青霉混合发生，外观颜色略不同，青霉感染色较深，呈蓝绿色，而木霉色浅，多呈绿色或铜绿色。经培养后，用显微镜观察，木霉的菌丝有横隔，蔓延生长，形成平的菌落，菌丝无色，向上伸出直立的分生孢子梗，孢子梗再分支成两个相对的侧支，最后形成小梗，小梗的顶端有成簇的分生孢子。菇床上一旦发生木霉，会很快延伸到子实体上。
青霉，在自然环境中分布很广，极易感染。条件适宜经1~2d孢子萌发成菌丝，并很快发育成白色菌丝体。初期难以辨认，直到长出许多绿色孢子并在培养料表面看到形状不规则、大小不等的蓝绿色污染区时，才能被发现。一旦发生蔓延极快。常发生在第一潮菇以后。
菌床上发生霉菌污染后，要尽快挖除带菌的培养基。加强菇床通风，出菇期间不要把水喷到菇体上，防止菇丛染上细菌病害并由于提高床温而诱发霉菌繁殖。
(二)常见害虫菇蚊、菇蝇和螨类
这些害虫多发生在生产后期，因为栽培前期温度较低，不易发生这些害虫。防治的办法，是生产后期(菇房温度提高到18℃以上时)，可预防性在菇房内喷施一些杀虫、杀螨剂。
(三)病虫综合防治措施
掌握金针菇与杂菌的生长规律，采取一系列积极的生态防治手段。
1.低温栽培几乎所有的杂菌的孢子、芽孢或其休眠体，都要在24℃以上才能萌发。而金针菇菌丝体在7~11℃的低温条件下生长良好，加之金针菇又是低温结实性菌类，因此金针菇具备低温栽培的条件。而低温栽培是防治病虫害的最重要手段。
2.低湿养菌金针菇菌丝在料水比1：0.5~1：0.9条件下仍能继续生长，在料水比为1：1~1：1.5时，生长较快，不易污染其他杂菌，而料水比达到1：2.1时，金针菇菌丝停止生长，并全部污染杂菌。这是由于培养料水分过多，一则冲淡了菌体细胞原生质浓度，使之抵抗力下降，易染杂菌，二则培养料水分过多，会造成空气不足，使菌丝的呼吸作用受到抑制，导致菌丝早衰而染菌。所以在拌料时掌握好料水比；菌丝生长期间，培养室空气湿度要适合；出菇期间，不要将水喷到菇床上，这些低湿培菌措施可使菌丝生长旺盛，菇体生长健壮，而杂菌得到控制。
3.添加营养物质麦麸、玉米粉、米糠等不仅是金针菇生育的良好营养剂，而各种杂菌对其也非常喜爱。有人认为，添加这些营养物质，由于它含有淀粉和可溶性糖分等营养，易被杂菌利用，常造成污染。我们认为在低温栽培前提下，加大菌种用量，可使金针菇在丰富的营养物质中短期内就会占领菌床。多次实验与生产实践证明，添加粮食类营养的培养基比纯棉籽壳培养基成活率高，菌丝占床快。注意前提是低温，如果环境温度超过15℃，就不要添加上述营养物质。
另外，加强通风管理，使用优质、新鲜的菌种也是重要的措施。
