防止杂菌污染，要安排适宜温度栽培，香菇菌丝最适宜的生长温度为22℃～25℃，子实体发育的最适宜温度为15℃。菌龄以菌丝长满瓶底5天左右为最佳。菌丝要求生长均匀、粗壮、绒毛多、色泽洁白、未扭结成原基、有鲜香味，千万不能采用带杂菌的菌种。培养基所用的木屑、麦麸子等都要新鲜、无霉变，培养料含水量50%～55%。选用的塑料袋不应厚薄不匀、质劣，否则会发生“胀筒”，为防治杂菌带来不利。
灭菌必须彻底，从拌料到装筒结束时间不超过4小时。在培养基中加入0.2%～0.3%的石灰，可防止培养基发酵变质。装袋时要松紧适度，以防“胀筒”造成污染。在灭菌锅内料袋垛叠不宜过紧，保持蒸汽畅通，避免灭菌死角。料袋装锅后5小时袋内温度要达100℃，并维持3个小时，才能达到灭菌彻底。
在栽培时要避开高温、高湿和多雨天气，春、秋二季晴天上午接种最好，夏天可在清晨或夜晚接种。接种室要用酒精熏蒸灭菌，接种要快，可减少菌种在空气中的暴露时间，以防杂菌污染。脱袋后还要防高温高湿，当菌筒出现黄水时，要用喷雾器喷水清洗表面。采菇时要将菇脚采净，否则会造成腐烂，滋生杂菌。
