菌棒的转色管理可分为两种方式，脱袋转色和袋内转色，现在的生产大多是以取得花菇或优质厚菇为目的，故多采取袋内转色方式。其基本管理如下：
1、打孔增氧：菌丝发满后，基料内充盈菌丝体，其代谢量大为增加，通过打孔达到增加其内部氧气、排除废气、提高代谢和散失部分水分的目的，为转色管理的第一步。
2、促膜离壁：通过打孔、搬动等，促使塑膜与基料分离。对发菌时间短的早熟菌株，因自然离壁有困难，可在打孔时顺便挑起塑膜，以利该处生出气生菌丝。
3、码垛通风：根据气温的高低，采取三角形或井字型码垛，将菌棒码高4-8层不等，既可充分利用空间，又不使菌棒过分拥挤，并且码起的袋垛中间有"自然拔风"，有利于袋间和膜内的通气。
4、调控温度：根据季节的不同，适当人为调控垛内温度，使之保持在15-25℃，低温季节最低温度也可调控在10℃左右。当垛内温度达到25℃时，即应揭去覆盖物，倒垛散热，原则是"宁可低温延长转色时间，也不允许高温烧菌"。
5、通风压菌：在较合适的条件下，料表会很快长出一层细密的气生菌丝，并开始分泌色素，出现浅酱油色的水珠，为转色的重要信号。此时，可采取两种措施。一是使用地下水直接喷淋，既为菌棒降温，又可冲洗掉部分色素水珠，与此同时应加强通风，一般掌握喷水后2小时料表不粘手即可；二是倒垛，同时加强通风。
6、加大温差：实践证明，一定条件下，在尽量降温的基础上加大昼夜温差，是促进转色的主要措施之一。
7、干湿交替：该措施可通过喷啉冷水和加强通风等手段实现。喷淋冷水一方面给菌棒以较大的温差刺激，促使其快速形成菌膜；另一方面可提高其湿度，通过加强通风等措施，即可达到干湿交替的目的。
8、光照刺激：适当的光照刺激是促进菌棒转色的重要因素。一般情况下，可调控光照强度在1000勒克斯左右，即比较明亮的光线；并且通过倒垛或转换光线来源，使菌棒受到均匀的光照，达到转色一致、整齐均匀的目的。
