茯苓菌核腐烂病是一种生理性病害，在茯苓栽培中由于栽培场所排水较差或土壤板结导致菌核出现腐烂现象。
症状菌核表皮有病症与破口，发病菌核变黄，后逐渐萎缩，并且流出黄色粘液，最后菌核呈畸形。降低茯苓的产量与品质。
病因在茯苓栽培中由于覆土不够厚，如果核形成期温度忽高忽低，多雨潮湿又排水不良容易引发该病。菌核迅速长大，往往造成菌核表面破裂，菌核中富有营养的淡蓝色乳液由伤口流出，土壤中的线虫在有水情况下，大肆活动并穿食伤口，使病症进一步扩大。同时，土壤中的病原菌侵入，结果造成菌核腐烂病的发生与蔓廷。
防治方法
（1）加强栽培管理，在结苓始期覆土加厚，使土温不受气候因素影响。作好排水措施，防止土壤积水，利于通风透气。
（2）适时采收，即茯苓长到一定程度就不再继续长大时采摘，减少发病率。
（3）苓窖用石灰消毒。
