入冬后，气温下降，空气相对湿度低，管理上应以提高畦床温度、控制通风、保暖防寒为中心工作。针对不同菌株采取相应管理措施，中、高温型菌株在10℃以下几乎无望再出菇，此时每日午后结合短暂通风进行喷水，保持菌棒的湿润即可，使之顺利越冬。中温型或中温偏低型的菌株，在冬季不明显的省份仍有出菇希望，可根据气象预报，避开寒流，利用短暂气温回升间隙进行人工调节提高畦温，让其出菇。
具体做法是：拆稀或清除顶棚覆盖物，罩紧膜罩，提高畦温，下午短暂通风换气，同时喷水保湿；每采收一批菇后，拉长养菌时间。下霜时空气相对湿度低，但早上不能喷水，只能罩紧膜罩保湿，否则会冻坏菇蕾。冬季出菇少而慢，但对春季上市有积极作用。
