黑木耳菌种的选择注意以下几点：
看外观看菌瓶标签与黑木耳菌种是否相符，以防错购。培养时间应在两个月以内，从接种日算，菌龄应在30～40天为宜，同时看瓶塞壁有无破裂或棉塞脱落等现象。
看菌丝菌丝洁白纯度高，绒毛粗壮、短密齐的为优质菌种。如有绿、黄、红、青、灰色菌丝，则为已感染杂菌的菌种，需淘汰。
看耳基瓶壁与料之间如无淡黑色耳基的为优良菌种，有少量耳基为正常菌种，如果太多，则传代次数过多，接种后虽出耳早且多，但长不大，产量较低。
注意沉淀物如果瓶壁没有或仅有浅褐色胶质物属合格菌种；如果有黄褐色液体，属老化菌种，不可购买。
看菌块木屑菌种表面均长有菌丝，已看不到木屑，挖出时以成块而不松散为佳。
注意巧使用如果菌种培养时间过短或温度过低，菌丝未长满全瓶或菌丝未长入木屑内部的，应继续在适温下培育，然后再用于接种，应存放于清洁、干燥和光线较暗的室内。接种前，严禁拔掉棉塞，对已开瓶接种的菌种不宜过夜，以防杂菌污染。
