段木干燥适合就应及时接种香菇接种时间一般在5℃以上，20℃以下，月平均温度在10℃左右为好。我国长江以南地区，香菇段木接种从2月下旬至4月上旬，最适为2月至3月中旬。菌种有木屑菌种、枝条菌种和楔形菌种，国内大部分段木栽培均使用木屑菌种。优质的香菇纯菌种，菌丝白色而且浓密，有香菇特有的香味，气生菌丝有爬壁能力，培养基中菌丝无杂色和明显的抑制线。有些比较速生的品系，菌丝尚未发到瓶底，瓶内便出现白色的原基，这样的菌种一般是速生高产品系。凡菌龄过长，菌丝发黄，培养基萎缩变小或变成深褐色，且与瓶壁脱落的菌种都不宜使用。
接种量一般每立方米段水需菌种6－8瓶接种工具有电钻、打孔器、接种斧、手摇钻、皮带冲等。接种方法可分为三个步骤：
①打接种穴：接种穴直径为1－1.2厘米，深1.2－l.5厘米，穴与穴之间，一般纵距为15－20厘米，横距为8－10厘米。位于断面两头和受伤处，可适当密些，以抵御杂菌的侵入，相邻两行之间的孔穴要相互错开呈梅花形排列，以便出菇均匀。为了提高菇木的利用率，必须根据段木的粗细、材质适当密植。
②接种：打穴后应尽快将菌种接入，防止穴壁干燥及杂菌侵入。接种时应先接小段木，而后接中、大段木。若是木屑菌种，应尽量保持块状，轻轻填入接种穴，以八成满为准；若是木塞菌种，放入接种穴后要用力塞紧，使木塞外端和树皮成平面，不致脱落。香菇菌种应随挖随用，挖出来的菌种最好当天用完，不宜放置过夜。
③盖盖子：采用木屑菌种，接种完毕后，应将事先打好的树皮盖(比接种穴大1.5－2毫米)盖上，并打紧打平。种盖和菇木务必是同一树种，厚4－5毫米，以免受热遇冷引起脱落．不盖树皮盖，也可以用蜡封代替。对于木塞菌种则不需加盖和蜡封。
木屑菌种制作方便，接种后成活率可达90％以上，而木塞菌种由于接种后有部分暴露于外，容易干燥和感染杂菌。
