草菇菌种无论是自己分离的或是引进的，都必须经过出菇试验，在确认是高产、优质的菇种后方可扩大培养，以免造成经济损失。合格的菌种质量要求（供参考）：
①菌丝淡黄色、透明，厚垣孢子较多或无（因品种的不同而表现不一），全瓶菌丝分布均匀，培养基含水量适宜（65%左右）。
②菌种菌龄适宜，新鲜、健壮，生长势强。
③无杂菌、无虫害。
凡有以下情况之一者为不合格的菌种：
①菌丝白色透明，无厚垣孢子或很少，属幼龄菌种，须继续培养到适龄期方可使用。
②菌丝逐渐稀少，但有大量厚垣孢子充满料内，菌丝黄色、浓密如菌被，上层菌丝萎缩，属老龄菌种，对产量影响较大，不宜使用。
③菌丝稀疏、透明，纤细如蜘蛛丝样，说明菌丝吸收营养不足，菌丝分枝少，常见于培养料灭菌不彻底，草料表面有大量枯草杆菌繁殖，影响草菇菌丝吸收营养所致，这样的菌种也不宜使用。
④菌丝逐渐消亡，袋壁蒙上一层会爬动的粉末，是害虫螨类在蛀食菌丝，应予淘汰。
⑤菌种袋沉重，菌丝生长不旺，厚垣孢子堆成团块，系培养料湿度太大所致，菌种质量不好。
⑥菌丝密集，颜色洁白，有时有小菌核，可能混有杂菌，若瓶内长出墨汁状伞菌，证明已感染鬼伞菌，应予淘汰。
