菌丝洁白，像细羊毛状，毛短整齐，浓密，粗壮有力，齐头并进地延伸直至瓶底，生长均匀，上下一致，挖出来成块，不松散。
菌丝长满瓶后，在菌体表面一般会分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出现浅黄色透明胶质耳芽。
菌种柱与瓶壁紧贴，瓶内壁附有少量白色水珠的为新鲜菌种。若瓶底有浅黄色积水，菌柱离壁干缩，为老化菌种，不能使用。
正常的菌种有黑木耳特有的芳香气味，若有臭味和霉味，或出现斑块状及球状不发菌的现象，是细菌污染，若有其它红、绿、黄、黑等色，说明已被杂菌污染，也不能使用。
培养基与瓶壁之间若出现浅黑色的胶质物（耳基），说明是早熟或扩接次数过多的菌种，栽培后耳片小，数量多，不易长大，品质差，产量低，应予淘汰。
若瓶内可以看到木颗粒而菌丝很少，说明培养时间太短，应继续培养。若培养一段时间后没什么显著变化，说明培养基营养不足，应予补充。
如果菌种长至一半左右或一个角落不再继续生长，可能是太干或太湿之故。若菌丝生长整齐，浓密，突然出现稀疏，并有一明显的分界，说明上部料适中，下部压得过实过密。