从孵化房内捕出的稚鳖一定要先行消毒。消毒一般在内壁光滑的椭圆形浴盆中进行，常用消毒药物为8ppm-1Oppm高锰酸钾，消毒时间为20分钟-30分钟。
消毒前，先将浴盆洗刷干净，然后按要求配制好消毒药液，并分装到各个消毒浴盆中，每盆盛放消毒药液10kg-15kg；接着，将从孵化房内捕捉出来的稚鳖计数后放入消毒浴盆中，记录开始消毒的时间，鳖体消毒密度以盆内稚鳖能自由游动、互不叠加为宜，一般每盆放稚鳖500只左右。
消毒时间以天气情况等灵活掌握，若天气晴好，气温达25℃以上，消毒时间15分钟即可；若天气阴雨，气温低，则消毒时间可延长至20分钟。由于高锰酸钾遇光会降低药性，因此，消毒应避免阳光照射。
