黄鳝体形细长，前段呈圆筒状，后段较侧扁，尾端渐尖细，外观似蛇形。与一般鱼类相比，黄鳝体表无鳞，属无鳞鱼。外观看不到背鳍、臀鳍，也没有胸鳍和腹鳍。黄鳝头大，眼睛小。鳃严重退化。体色有黄色、棕黄色、青黄色、青棕色、棕红色、泥黄色等，有的全身布满大小不一的黑色斑点，其体色因生活环境不同，而呈现不同的颜色。腹部色淡偏白。游动时主要靠肌节有力伸屈，作波浪式泳行。黄鳝上下颌较长，口裂深，能吞食较大食物。
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