由于日本对虾生长缓慢，对虾养殖成败的关键在于对虾病害的防治，必须坚持“预防为主、综合防治”的原则。受养殖水体污染、气候变化、苗种质量下降等因素影响，日本对虾病害的种类繁多，常见的有以下几种：
1、固着类纤毛虫病
症状：固着类纤毛虫病出现在对虾生活的各个时期，附着数量不多时，肉眼看不出症状，危害也不严重。在宿主蜕皮时就随之蜕掉，但数量很多时，危害就非常严重。附着的部位是对虾的体表和附肢的甲壳上及成虾的鳃上，甚至眼睛上。在体表大量附生时，肉眼可见有一层灰黑色绒毛状物。幼体最常出现在头胸甲的附肢的基部和幼体的尾部，成虾则最常出现在鳃上和头胸甲的附肢上。患病的成虾或幼体游动缓慢，摄食能力降低，生长发育停止，不能蜕皮，进一步促进了固着类纤毛虫的附着和增殖，引起宿主的大批死亡。
治疗方法：排水20～30厘米，每立方水体用硫酸锌粉0.75～1克每日一次，病情严重时连用2次，36小时补添新鲜海水还原水位，4天后调水、肥水。
2、白斑综合症
症状：虾浮于水面，游动缓慢，体色微红。病虾体表的甲壳上有稍带粉红色的白斑。白斑的大小和形状不规则。最容易出现在对虾的头胸甲上，严重者整个头胸甲都变白色，其次是腹部背面和两侧白斑处的甲壳表面无明显变化，只是失去透明性。
预防方法：内服：氟苯尼考3‰、维生素C5‰、维生素E5‰、酵母5‰、红糖10‰，连续5～7天。
注意事项：严禁排灌水，严禁消毒刺激对虾应激，每日投喂饲料减半。
3、蓝体
症状：虾体呈蓝色，甲壳薄，脆且易剥落，肌肉混浊不透明。
治疗方法：外用：氯制剂连续消毒2～3次，每日1次，夜间消毒较佳。内服：免疫增强剂（吉恩三号）+维生素E+维生素C+酵母+红糖，每日1餐，连续7天。
4、红鳃、黑鳃病
虾的鳃病主要弧菌含量高，水质恶化，氨氮、硫化氢指标超高。
症状：病虾外观鳃区呈一条条黑色花纹。镜检时可看到鳃丝局部弥漫性坏死，轻者呈褐色，重者变为黑色，坏死的鳃丝边皱缩。
治疗方法：消毒前排掉水位20%，氯制剂连续消毒3次，每日1次夜间消毒较佳。消毒后2～3天补水到原水位，同时改良池底。
5、肌肉坏死病
症状：对虾腹部肌肉变白色，不透明，与周围正常组织有明显的界限，特别是靠近尾部腹节中的肌肉最常发生，随后坏死的区域迅速扩大到整个腹部，这样的虾一般在24小时就会死亡。由于盐度和温度不适引起的肌肉坏死，开始时对虾表现活动激烈，不安地连续游泳，或企图跳出池塘，过10～30分钟后活动迅速减缓，以至静止不动，这时多数虾就出现症状。
治疗方法：外用：首先每米水深泼洒葡萄糖1000克/亩增强对虾抗应激能力，全池泼洒芽孢杆菌1000克/亩、光合细菌5000毫升/亩调节水质。内服：氟苯尼考3‰、维生素C5‰、维生素E5‰、酵母5‰、红糖10‰，连续5～7天。
6、肠炎病
症状：虾体肠道弯曲，吃料不理想，粪便较细、短，虾体色发红，尤其是尾扇。
治疗方法：20毫升/千克乳酸菌、5克/千克维生素E、5克/千克维生素C、5克/千克酵母、20克/千克红糖，每日1餐，连续使用7天。
7、水质环境突变引起的疾病
