保护地番茄花期难免遇到高温高湿、低温弱光等不良环境条件，授粉受精不良，易导致落花落果，可通过人工辅助授粉、昆虫授粉和激素处理来保花保果。
(1)人工辅助授粉 番茄的花小，数量多，无法象瓜类蔬菜一样逐个进行人工授粉。但可通过花期振动植株或摇动花序进行人工辅助授粉，促进花粉运动和授粉受精。
(2)雄蜂授粉 目前，世界农业发达国家如以色列、荷兰等的温室番茄多采用雄蜂授粉，取得了省钱、省工、省力、无污染、高产、优质的效果。雄蜂适应性广，在低温、弱光条件下仍能飞行，尤适于为设施内作物授粉，是多种植物特别是无花蜜作物如豆科、茄科植物的重要授粉者。试验证明，雄蜂对番茄花粉的特殊颜色及挥发气味特别敏感，授粉效果极佳，可提高产量15％-35％，且形成的种子较多，有利于改善果实品质。每667平方米放置1箱蜂即可满足授粉需要。蜂箱应放在离地面有一定高度的荫凉处，箱放好后，其位置及出入口朝向就不能再变动，否则雄蜂找不到入口。授粉期间要尽量减少有毒农药的使用，如需喷药，则必须先把所有的雄蜂赶进蜂箱内。此外，工作人员要避免穿蓝色衣服或使用有芳香气味的化妆品，以防蜂蜜。
(3)激素处理 在人工辅助授粉的基础上使用番茄座果调节剂处理花序，保花保果效果好。一般选用浓度为25-50mg／千克的番茄灵，浓度为20-30mg／千克番茄丰产剂2号，番茄每穗花有3-4朵花开放时，用装有药液的小喷雾器对准花穗进行喷洒，喷时最好用纸片挡一下生长点和叶片，以免沾上药液。在配制座果调节剂时加入0．2％速克灵，可防止灰霉病在花期、坐果期侵染。
