芹菜的采收期较长，种植户可以根据市场的需求，选择不同的采收方法收获上市，以获取最大的经济收益。
1.连根采收。是广大种植户普遍采用的采收方法之一，省工省时，便于收获。一般在市场上蔬菜较多，价格偏低，或是批量销售时采用该方法为宜。当芹菜长到40～60厘米高时，一次性采收。采收前一天先在畦内灌水，等地面稍干时，在早晨植株含水量大、脆嫩时连根挖起，洗净根部黏附的泥土，择去枯黄腐烂叶片，扎捆包装上市。
2.间拔采收。一般在田间栽培密度大、植株生长不整齐，市场价格较高时，可采用间拔的采收方法。采收分2～3次进行，间拔长大的、具有商品价值的成株上市，留下小株继续生长，待长大后再间拔上市。为了便于农事操作，也可以采用隔行采收的方式，但是没有前者的方式效果好。
3.叶柄分批采收。芹菜主要以叶柄供食用，随着人们生活节凑的加快，择清洗净、捆扎成把、规格一致，买后就能立即食用的净菜，其需要量在逐渐增加。尤其是经济发达的大、中城市，需求更大。而芹菜只要管理得当，分茬分批采收规格一致的叶柄，不但可以实现一种多收，还可以大大增加种植收入。当每株芹菜的叶柄长出7～10支、长40厘米以上时采收。采收时，用一只手扶住根颈部，用另一只手擗下叶柄，也可以用小刀割取，一次要采下所有长40厘米以上的叶柄。一般可收3～4次，直至保护设施内温度太低，不能生长时为止。擗叶操作要小心，防止折断叶柄，影响商品品质。芹菜采收叶柄后，应立即去除所有病、老、黄叶柄，然后喷洒1次杀菌剂，待新叶长出3～4片时，再酌情浇1次肥水。该方法较适宜秋延迟栽培和越冬保护地栽培的芹菜，采收越晚价格越高，所以应尽量晚采，安排在接近元旦和春节时采收，以增加收入。
4.割收。如果当地蔬菜紧缺，价格较高时，可考虑采用割收。在芹菜长成后，用割刀割取地上部分扎捆上市，割茬在生长点以上不要将生长点割除，造成死苗。割后清理枯叶，并进行浅中耕松土。三四天后，植株伤口愈合，待新芽长出9～10厘米高时，浇水追肥1次，20天后再连根挖采。