为害彩椒栽培生产的真菌病害主要有12种。包括3种土传病害（疫病、枯萎病和根腐病），3种果实病害（炭疽病、白粉病和黑霉病），5种叶部病害（灰斑病、褐斑病、早疫病、白粉病和白星病）和1种茎部病害（菌核病）。 疫病是彩椒生产的一种毁灭性的土传病害。在全国各地都有发生，发生面积一直在上升。该病蔓延迅速，常因药剂防治还未奏效，植株就已经成片萎蔫、死亡，造成严重减产，甚至绝产，给生产带来巨大损失。
症状识别：整个生育期均可发病。染病部位（包括茎基部、枝叶和果实）初呈暗绿色水渍状，茎基部染病迅速向上发展后缢缩呈黑褐色，导致幼苗猝倒死亡，成株叶片迅速萎蔫。叶片染病形成近圆形或不规则形大斑，病斑边缘逐渐呈黄绿色，中央暗褐色，病叶易脱落。果实染病始于蒂部，迅速扩展到全果，呈暗褐色软腐，甚至果肉和种子也变褐色。潮湿时病茎及病果上可产生白色稀疏霉层。该病在雨季、盛夏，正值彩椒挂果时最易受害，植株急凋萎死亡，成为毁灭性的病害。
发病规律：由鞭毛菌亚门疫霉属真菌引起。病菌主要以卵孢子、厚垣孢子在土壤及病残体、种子上越冬。病菌在土壤中可存活很长时间。游动孢子借气流、雨水、灌溉水和农事操作传播，进行再浸染。病菌发育适温为27～30℃。高温、高湿是诱发该病的主要条件。特别是大雨后暴晒易流行，低洼积水田块、重茬地、大水灌溉、施用未腐熟的有机肥都会使病情加重。
防治方法： ① 选择与十字花科和豆科蔬菜实行2～3年轮作的、地势高、易排水的地块作苗床或栽培田。彻底清洁前茬收获后的田园，耕翻土地，最好充分晾晒1个月以上。 ② 选用抗（耐）病的彩椒品种。 ③ 种子消毒。用55～60℃温汤浸种，快速搅拌到30℃以下浸泡12小时后播种。 ④ 培育适龄壮苗，加强田间管理。平整土地，实行高垄（高畦）栽培，合理密植。雨后及时排涝，防止大水灌溉、湿度过高。注意中耕松土，及时清除病株杂草，减轻病害。 ⑤ 药剂防治。由于疫病流行非常迅速，所以要做好预防和防治。于夏季高温雨季浇水前，最好随水每667平方米撒施96%的硫酸铜3千克，能够收到很好的防效。一旦发现病株，及时用药，喷洒与浇灌并举。可用72.2%普力克600～800倍液或50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液、70%乙膦?锰锌可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、40%疫霉灵200倍液、25%瑞毒霉可湿性粉剂600～800倍液及克露等，每穴灌药液100～200毫升。
