冬季大棚生产辣椒常因病害发生而欠收，尤其是炭疽病和细菌性斑点病更为常见。为了防治炭疽病和细菌性斑点病，可结合浸种催芽进行种子消毒，具体做法是：先将种子用清水预浸10-12小时，再放入1%硫酸铜溶液中浸泡5分钟，然后用清水洗净种子，进行催芽；或用40%福尔马林150倍液浸种15分钟，洗净后催芽。催芽温度以25-30℃为宜，以变温催芽效果最好，即白天25-30℃，晚上16-20℃。这样比恒温催芽出苗快而且整齐。
播种前要准备好育苗土和营养土。播种后至出苗前要注意温度管理，以提高温度为主，一般以白天25-30℃，晚上20℃为宜；出苗后应适当降温，以25℃左右，晚上16℃左右为宜。育苗期间应注意水分的管理，棚内湿度太大，应利用中午时间进行通风，一来降低棚内湿度，二来提高棚内的氧气浓度。只有在缺水时，才轻喷一次。
