南方气候温暖适宜，病虫一年四季繁殖，且由于椒类规模生产，轮作有限，病虫害易于流行发生，因此应在彩椒生产基地建立专门的病虫害预测的预报站，预测病虫害的发生动态和制定防治措施，采取统一行动进行病虫害防治。
南方彩椒的主要病害，苗期在猝倒病、立枯病、灰霉病、沤根，成株期有病毒病、疮痂病、疫病、炭疽病、根线虫病、日灼病。害虫有蚜虫、烟青虫、茶黄螨。
苗期病害通过种子和苗床消毒进行预防，并结合喷500倍绿乳铜、农用链霉素或浇800倍瑞枯霉等农药，防治猝倒病、立枯病效果好。病毒病主要是搞好种子消毒和蚜虫防治，还可喷药防治，主要药剂有：20%病毒A、植病灵和抗病毒灵。疮痂病可用波尔多液(1:1:200)预防，发病后用CT杀菌剂、辣椒植宝素或农用链霉喷雾防治，防治疫病、炭疽病、灰霉病用杀毒矾、可杀得、绿乳铜、瑞毒霉交替使用，效果很好。每667平方米苗床土内撒米乐尔或呋喃丹7-8千克，防止根线虫病。用万灵粉、功夫、敌杀死或大功臣等防治蚜虫、烟青虫有特效。茶黄螨可喷洒克螨特等进行防治，效果好。
