由于多年的连续种植，椒苗病虫害发生较多。但因为我们基本上掌握了其发生规律和防治方法，病情一般在初发期就能控制，而不至于产生重大危害。虫害只有蝼蛄、蚜虫；病害主要有猝倒病、立枯病、菌核病、灰霉病、灰斑病和褐斑病，沤根、冻害、肥害等，现将防治情况介绍如下：
(1)蝼蛄：种类为非洲蝼蛄，其密度有时高达到3只／平方米，主要咬食播下的种子和幼苗。若不进行防治，可将整畦种子和幼苗吃光，或将表土钻松，使菜苗因失水而枯死。过去采用甲胺磷处理床土，近几年则改用播种后撒施3%的米乐尔颗粒剂加以防治，施用量每平方米2.3--2.5g左右。撒后盖土、浇水、盖膜，第2--4d中每天将畦沟中的膜掀起人工捕捉半死不活的蝼蛄，防效可达95%以上。
